Выставки в музее Миккеля посвящены коллекционированию произведений искусства и роли коллекционеров в формировании художественного наследия и субкультуры как в прошлом, так и в настоящем.
Музей Миккеля является домом для богатейшей коллекции Йоханнеса Миккеля (1907–2006), одного из виднейших эстонских коллекционеров искусства, коллекции, содержащей произведения западноевропейского, русского, китайского и эстонского искусства XVI–XX веков.
