Mikkeli muuseumi publikuprogrammid on pühendatud nii muuseumi püsiväljapanekut moodustava Johannes Mikkeli kollektsiooni tutvustamisele kui ka vahetuvate näituste vahendamisele igas vanuses publikule. Toimuvad kuraatorituurid, loengud, vestlusõhtud, raamatuesitlused ja teemaüritused, lastega pered saavad suhestuda muuseumi eksponaatidega eriliste perehommikute „Muinasjutud Mikkeli muuseumis” abil.